W 1999 roku zdiagnozowano u niego chłoniaka nieziarnistego, w wyniku tego aktor przeszedł chemioterapię i w 2000 roku, w pełni wyleczył się z raka.
Po tym jak żona aktora
Gilda Radner zmarła na raka jajnika, Gene został współzałożycielem "Gilda Club", grupy wsparcia mającej na celu szerzenie świadomości na temat tej choroby.
Podczas małżeństwa z Mary Joan Schutz adoptował córkę Katharine Anastasię.
Proponowano mu rolę Dr Richarda H. Thorndyke'a w filmie "
Lęk wysokości", jednak aktor odrzucił tę ofertę. Jego miejsce zajął
Mel Brooks.
Zmarł z powodu powikłań związanych z chorobą Alzherimera, którą wykryto trzy lata wcześniej. Jego ciało zostało poddane kremacji, a prochy oddane rodzinie.
Zaproponowano mu użyczenia swego głosu postaci sowy Norberta w filmie "
Skok przez płot", ale aktor odmówił, a postać ta ostatecznie nie pojawiła się w animacji.
W 2005 roku wydał swój osobisty pamiętnik - autobiografię pt. "Kiss Me Like A Stranger", opisując okres od urodzenia aż po śmierć swojej pierwszej żony.
Służył w armii amerykańskiej w latach 1956-58 jako sanitariusz w Departamencie Psychiatrii i Neurologii w Phoenixville (Pensylwania). Pracował z pacjentami chorymi psychicznie.
W 1951 roku ukończył Washington High School w Milwaukee (Wisconsin, USA), a w 1955 roku ukończył licencjat w dziedzinie nauk humanistycznych na University of Iowa w Iowa City (Iowa, USA).
Był brany pod uwagę do roli Lexa Luthora w filmie "
Superman", jednak ostatecznie w postać wcielił się
Gene Hackman.